陕西中医药大学审计机构始建于1991年6月，成立之初同纪委合署办公称为陕西中医学院监察审计处。1997年撤销监察审计处，成立陕西中医学院审计室，同纪委合署办公。2004年5月成立陕西中医学院审计处。2023年10月成立陕西中医药大学党委审计委员会，办公室设在审计处。现有专职审计人员7人，其中处长1人、副处长1人、秘书1人、工作人员4人。

近年来，审计处坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实党的二十大、二十届二中、三中全会精神和中省关于审计工作的新要求，在学校党政的正确领导下，紧扣建设国内一流高水平中医药大学的奋斗目标，扎实开展内部审计工作，积极发挥内部审计“经济体检”和“免疫系统”作用，在促进学校完善内部治理体系、建章立制促发展、促进党风廉政建设等方面发挥了积极作用，取得了显著成绩。先后被咸阳市、陕西省教育厅、陕西省审计厅评为“内部审计先进集体”；“陕西中医药大学2016年度校本级预算执行及财务收支审计”等6个审计项目分别被陕西省教育厅、咸阳市评为“优秀审计项目”。2020年获全国内部审计先进集体荣誉称号。